یکی دیگر از مأموریتهای شرکت ، انجام عملیات بهسازی خطوط می باشد . این عملیات درمواقعی انجام می پذیرد که فرسودگی خطوط به میزانی است که میتوان با انجام تعمیرات نسبتاً اساسی ، خط را به حالت مطلوب بازگردانید . عملیات مزبور معمولاً در مسیرهایی انجام می پذیرد که فرسودگی مصالح در آنها به میزان ۴۰ درصد رسیده باشد که با تعویض قطعات معیوب اجزاء خط و رفع معایب هندسی و جایگزینی بالاست مناسب نسبت به بالا بردن کیفیت خط و افزایش ایمنی خطوط اقدام می گردد . درعملیات بهسازی ممکن است در برخی از نقاط ادواتی نظیر ریل و تراورس نیز تعویض گردند . شرکت بالاست نیز مجری قراردادهای بهسازی خطوط در محورهای مختلف راه آهن کشور بوده است .